Bei der Erfüllung ihres Auftrags, insbesondere bei der Umsetzung des Nationalen Konzepts Seltene Krankheiten und dessen Anwendung, wird die Allianz von einem Fachbeirat unterstützt.
Dieser setzt sich aus mindestens fünf ehrenamtlichen Mitgliedern zusammen, die für drei Jahre ernannt werden. Es obliegt dem Vorstand von ProRaris, die entsprechenden Persönlichkeiten nach ihren Kompetenzen in den Bereichen Medizin, Forschung, Gesundheitswesen oder generell in der Thematik seltener Krankheiten auszuwählen. Die Mitglieder des Beirats werden einzeln oder in Gruppen beigezogen, je nach geforderten Kompetenzen für die Bearbeitung einer bestimmten Fragestellung.
Der Fachbeirat ProRaris setzt sich aktuell aus folgenden Expertinnen und Experten zusammen:
- Prof. Dr. med. Matthias Baumgartner
 Abteilung für Stoffwechselkrankheiten
 Universitäts-Kinderspital Zürich
- Dr. med. Loredana D’Amato Sizonenko
 Orphanet Schweiz
 Abteilung für Genetik, Universitätsspital Genf
- Prof. Anne-Sylvie Dupont
 Juristische Fakultät
 Universitäten Neuenburg und Genf
- Dr. med. Malte Frenzel
 Allianz Kinderspitäler der Schweiz AllKidS
 Basel
- Prof. Dr. med. Dagmar l’Allemand
 Endokrinologie / Diabetologie
 Kinderspital Zentralschweiz, Luzerner Kantonsspital
- Prof. Dr. med. Jean-Marc Nuoffer
 Zentrum für seltene Krankheiten
 Kinderklinik Inselspital, Universitätsspital Bern
- Dr. med. Therese Stutz Steiger, MPH
 Public Health Consultant im Ruhestand
- Jennifer Woods
 Patient Partner