Très souvent graves, chroniques et invalidantes, elles peuvent être évolutives et mettre en jeu le pronostic vital. Même si maladie rare n'est pas toujours synonyme de handicap, la plupart d'entre elles présentent des déficits sensoriel, moteur, mental, voire des stigmates physiques ; nombre de ces pathologies présentent plusieurs handicaps associés. L'atteinte des fonctions implique souvent une perte d'autonomie et des invalidités qui peuvent altérer la qualité de vie.

Les personnes atteintes de maladies rares rencontrent toutes des difficultés similaires dans leur parcours vers un diagnostic, pour obtenir de l'information et pour être orientées vers les professionnels compétents. L'accès à des soins de qualité, leur remboursement, la prise en charge globale sociale et médicale de la maladie, la coordination des soins hospitaliers et de ville, l'autonomie et l'insertion sociale, professionnelle et citoyenne, posent également problème, sans compter la souffrance psychologique liée à l'isolement et au manque d'espoir thérapeutique.

Les maladies rares sont insuffisamment connues des professionnels de tous bords, y compris des professionnels de la santé et des assureurs sociaux.